En la temporada 1999/2000, Félix Arnáiz Lucas dirige al equipo desde el comienzo de la temporada y el equipo acaba 3º con Roberto Peragón como estrella del equipo. Los ilicitanos son los que finalmente se llevan el premio del ascenso. Salvo y Rufete. Además el equipo perdió al central Otamendi pocos días antes de la eliminatoria de Champions negándose a entrenar y a jugar con el equipo, forzando así que el club negociara con el Manchester City.
