En la temporada 1985/86 Javier Clemente deja el banquillo del Athletic (jornada 21) para ser ocupado de nuevo por Iñaki Sáez. La temporada de 1984/85 marcó el inicio del fin de la generación del último doblete. Al final de dicha temporada Sarabia abandona el club y Goikoetxea ficha por el Atlético de Madrid. Pero la aventura le salió rana al poco de aterrizar en el club lombardo, que el pasado mercado invernal le colocó el cartel de ‘transferible’. Finalmente, se quedó fuera; aun así, se cosechó la elevada cifra de 60 puntos (4 menos que el año anterior). Chelsea. El equipo londinense ya estrenó al final de la pasada temporada su equipación para este año. El Athletic ganó 1 partido, empató 3 y perdió 2, esto no fue suficiente para lograr el pase a los octavos de final y el equipo vasco quedó eliminado de la competición.
La temporada 1988/1989 fue una temporada bastante irregular en la liga, en lo que respecta a la UEFA, el Athletic pasó por ella sin pena ni gloria cayendo eliminado ante la Juventus en los dieciseisavos de final. «El 27 de agosto 1997, Leonardo disputó su último partido para el club ante el Steaua de Bucarest, en la ronda preliminar de la ‘Champions League’. Seguro que en el próximo partido en casa el enfado seguirá latente, pero al tercero ya le aplaudirán. Pero el acto principal fue el partido entre el Athletic y la selección de Brasil. Para conmemorar esta fecha histórica el club organizó una serie de actos, como fueron los conciertos de Luciano Pavarotti y de los Rolling Stones celebrados en la Catedral, la organización del XXI Congreso Nacional de Peñas del Athletic.
Quizá sean las del oso que trata de huir del nuevo escudo. La 1994/1995 y 1995/1996 fueron dos temporadas nefastas para el Athletic, en las que la única estrella que brillaba era la de Julen Guerrero, quien con su juego y sus goles hacía entusiasmar a la afición de San Mamés. Este barrio bajo de la Recoleta era conocido como la «Tierra del Fuego», debido a las fogatas que encendían de noche los vagabundos que vivían en ese lugar. Muy a pesar de Neymar, al que ya no soportan ni los radicales del PSG. La llegada de Neymar, que este sábado se presentaba ante su nueva afición, se está convirtiendo ya en un gran negocio para el PSG. Con Javier Irureta el Athletic disputa la UEFA venciendo al Newcastle United en los dieciseiavos de final, camiseta fc barcelona aunque finalmente los bilbaínos caen eliminados ante el AC Parma en octavos.
La primera decisión del nuevo presidente es cesar a Jupp Heynckes y poner a cargo del banquillo a Javier Irureta. Al terminar esta última temporada el Athletic acabó la liga 15º, la que suponía la peor clasificación del club en su historia, un rotundo fracaso. Pero el fichaje terminó siendo un absoluto fracaso ya que solamente marcó 6 goles en toda la temporada, se decía que la presión de los dineros hizo mella en él. Para dicha temporada, incorporan a Iribar como entrenador, pero su paso por el banquillo rojiblanco no termina de ser el esperado. Ya iniciada la temporada, al Athletic le tocó medirse en treintaidosavos de la UEFA contra la Unione Calcio Sampdoria, equipo italiano que venía plagado de fichajes estrella y se perfilaba como uno de los más fuertes de Europa. Después de los dos últimos años, para la nueva campaña de 1996/97 el Athletic quiere dar un cambio radical a la marcha del equipo y para ello se hace con los servicios del entrenador Luis Fernández.